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文献热点全外显测序对于庞贝病的检测敏

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基因检测最大的作用就是能够对遗传病患者进行精准诊断,全外显子测序(WES)作为基因检测技术中的一种常用方法,它能够检测与疾病相关的基因的编码外显子区域的变异,是一种比较全面的基因检测手段。但是对于已经明确的临床诊断遗传性疾病的相关致病变异检测的敏感度还有待明确。最近有一篇文献报道了“Sensitivityofwholeexomesequencingindetectinginfantile-andlate-onsetPompedisease”发表在MolecularGeneticsandMetabolism杂志上,该文章以庞贝病为研究对象。庞贝病(糖原贮积病Ⅱ型)是一种常染色体隐性遗传的代谢性肌病,其临床表现多样,主要由于GAA基因的变异导致酸性α-葡糖苷酶缺乏,使糖原在全身组织的溶酶体中贮积,从而导致肌肉组织的逐渐受累。庞贝病大致分为早发型(IOPD)和和晚发型(LOPD),皮肤成纤维细胞、肌肉或血液中酸性-葡糖苷酶的测定是疾病诊断的“金标准”。GAA基因两个致病性的反式变异是导致庞贝病的原因,白种人中68~90%的LOPD是由内含子c.-32-13TG的变异造成。疾病的早期诊断会影响酶替代治疗的最佳效果,但由于疾病的非特异性的表现,对晚发型庞贝病的诊断具有挑战性。

该篇研究分析了93例确诊庞贝病患者的WES数据以及通过PCR/Sanger测序分析了GAA的基因型,对患者基因型和表型及全外显检测结果一致性进行评估。通过WES检测使用标准生物信息学方法分析,在42/93(45%)的患者中检测到了GAA基因的两个致病性变异;但是在42/93(45%)的患者中一个GAA致病性变异被遗漏并且在9/93(10%)的患者中未发现GAA致病性变异。每个样本的Sanger测序结果和WES结果的一致性结果见下图。

图1.基于Sanger测序的GAA基因的分子检测结果与WES检测的变异类型的一致性;总共个变异(n=93个患者)。红色部分表示WES中漏检或者误报的变异。

图2.GAA基因的Sanger测序变异类型与WES检测的等位基因变异类型的一致性;79个独特的变异(n=93个患者)。

如果在确保常见的GAA内含子c.-32-13TG的变异未被漏掉的前提下,通过WES检测则可以在77/93(83%)名患者检测到GAA两个致病变异。在14/93(15%)名患者中有一个变异没有检测到,在2/93(2%)名患者中两个致病性变异均未检测到。有趣的是,这些患者中有发现纯合缺失,一个是c.-19_-17del(p.Aspfs*6),另一个是18号外显子缺失。经标准WES分析流程漏掉的突变

对于WES检测,我们需要注意到WES虽然能够对基因的外显子区域进行测序,但是这种检测手段仍然存在局限性。普遍存在的基因片段缺失/重复或内含子的致病性变异,以及WES检测的系统误差或测序覆盖度的不均一也会造成WES的漏检。在行WES检测的时候,临床医生需要把这些局限性考虑在内,对于基因型-表型十分吻合,但是又只检测到一个致病变异的常染色体隐性遗传病,需要临床医生结合临床的症状以及其他的生理生化等检测进行判定。

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